菌落計數(shù)儀因其使用的自動化程度高、分析結(jié)果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛(wèi)生疾控部分所喜愛。全自動菌落計數(shù)儀采用成像分析法實現(xiàn)自動計數(shù)，即由成像硬件+分析軟件所組成。
    菌落計數(shù)儀的成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數(shù)。成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優(yōu)點是：成像速度快，能展現(xiàn)培養(yǎng)基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內(nèi)獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優(yōu)點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。
    掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數(shù)量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現(xiàn)培養(yǎng)基表層和深層的細微菌落，且不能展現(xiàn)菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構(gòu)成了一定難度。
    菌落計數(shù)儀的分析軟件是另一塊核心成分。因為菌落生物的存在多樣性，在培養(yǎng)基上的表現(xiàn)或顯像不可能大體一致，針對這類變化，在分析軟件選型上要考慮，市場上的一些產(chǎn)品的軟件功能主要有一下幾個方面：
    圖像處理：圖像調(diào)節(jié)(灰度圖、負相圖轉(zhuǎn)換、對比度、RGB分割...)、圖像增強...
    圖像編輯：文字嵌入、圖形嵌入。
    統(tǒng)計功能：菌落智能識別技術(shù)（很重要）、區(qū)域選擇統(tǒng)計、直徑分類統(tǒng)計、鼠標單擊計數(shù)、顏色識別統(tǒng)計、人工計數(shù)修正、排除污染區(qū)域計數(shù)、自動換算功能、自動雜質(zhì)剔除、粘連菌落分割、菌落形態(tài)學分析、多通道分割...
    測量功能：自動分析菌落直徑、面積等測量長度、角度、面積等。
    數(shù)據(jù)管理：數(shù)據(jù)自動存儲、查詢、Excel導出報表打印、數(shù)據(jù)庫權(quán)限設(shè)置。
    功能：抑菌圈測量、紙片法藥敏分析、多培養(yǎng)皿統(tǒng)計、螺旋平皿統(tǒng)計。